Το σχέδιο ψηφίσματος «περί μέτρων εθνικής αναμορφώσεως» είχε δύο κεφάλαια. Το πρώτο προέβλεπε τη σύσταση «Οργανισμού Αναμορφωτηρίων Μακρονήσου» με έδρα την Αθήνα, «υπαγομένου υπό την ανωτέραν εποπτείαν πενταμελούς συμβουλίου, αποτελουμένου εκ των υπουργών Δικαιοσύνης, Στρατιωτικών, Παιδείας, Δημοσίας Τάξεως, Τύπου και Πληροφοριών». Σκοπός του οργανισμού «είναι η διά της διαφωτίσεως και διαπαιδαγωγήσεως αναμόρφωσις των εις αυτό υπό του κράτους παραπεμπομένων ατόμων, άτινα διά της καθ'οιονδήποτε τρόπον παρανόμου δράσεως αυτών, υπενόμευσαν ή υπονομεύουν το πολιτικόν και κοινωνικόν καθεστώς της χώρας».
Το άρθρο 6 του σχεδίου ψηφίσματος όριζε ότι στον ΟΑΜ υπάγονταν:
«α) Οι στρατιωτικοί εν γένει, οίτινες λόγω της δράσεώς των ή της αναμείξεώς των εις αντεθνικάς ενεργείας, θεωρούνται επικίνδυνοι εις την ασφάλειαν των ενόπλων δυνάμεων, β) Οι υπό των επιτροπών ασφαλείας του κράτους βάσει της κειμένης νομοθεσίας εκτοπιζόμενοι ως επικίνδυνοι διά την δημόσιαν ασφάλειαν (...). γ) Οι αυθορμήτως παρουσιαζόμενοι ή συλλαμβανόμενοι συμμορίται, εφόσον δεν αφήνονται αμέσως ελεύθεροι υπό των στρατιωτικών Αρχών και δ) Οι δυνάμει του παρόντος ψηφίσματος παραπεμπόμενοι εις τον οργανισμόν κατάδικοι και υπόδικοι. Άπαντες οι κατά την δημοσίευσιν του παρόντος διατελούντες εν εκτοπίσει...».
Το δεύτερο κεφάλαιο του σχεδίου ψηφίσματος πρόβλεπε με ποιους όρους οι κατάδικοι και υπόδικοι «δι'αδικήματα σχέσιν έχοντα προς τον διεξαγόμενον συμμοριακόν αγώνα ή την παράνομον δράσιν του Κομμουνιστικού Κόμματος και των παραφυάδων αυτού» μπορούσαν να υπαχθούν στον οργανισμό.
Ήταν φανερό ότι οι εμπνευστές του σχεδίου διέβλεπαν ότι, αφού είχε τελειώσει ο Εμφύλιος Πόλεμος, η χώρα θα περνούσε σε κάποια ομαλότητα και οι κυβερνήσεις θα υποχρεώνονταν, εξαιτίας και των διεθνών πιέσεων, να απέλυαν τουλάχιστον σημαντικό αριθμό από τους πολιτικούς κατάδικους, αλλά ακόμα περισσότερο από τους εκτοπισμένους και τους «προληπτικώς συλληφθέντας», που δεν τους βάραινε καμιά συγκεκριμένη κατηγορία. Επιδίωκαν λοιπόν να εφαρμόσουν, όσο ήταν ακόμα καιρός, και στους χιλιάδες κρατούμενους πολίτες - άντρες, γυναίκες, ακόμα και ανήλικα παιδιά - τις ίδιες μεθόδους «αναμορφώσεως», δηλαδή αιματηρή σωματική και ψυχολογική βία, που είχαν ασκήσει, στη διάρκεια του Εμφυλίου Πολέμου εναντίον δεκάδων χιλιάδων αριστερών στρατιωτών, με σκοπό να τους εξουθενώσουν.
Η μηχανή της «αναμορφώσεως» στη Μακρόνησο - που, όπως αποδείχτηκε αργότερα, δεν ήταν μόνο πολιτικά, αλλά και οικονομικά προσοδοφόρα για ορισμένους από τους πρωτομάστορές της - στηριζόταν στον συνδυασμό της ένοπλης βίας εναντίον αόπλων, που έφτασε και σε φυσική εξόντωση μερικών δεκάδων κρατουμένων, με την ψυχολογική πίεση. Η Μακρόνησος είχε αρχίσει να χρησιμοποιείται από τον Μάη του 1947 για «αναμόρφωση» αριστερών στρατιωτών, που από το 1945 τους συγκέντρωναν σε «ειδικά τάγματα». Αμέσως η Μακρόνησος άρχισε να γίνεται πολιτικό θέμα: οι εφημερίδες της Αριστεράς που κυκλοφορούσαν ακόμα νόμιμα, καθώς και διάφορα έντυπα στο εξωτερικό κατάγγελλαν ότι η «αναμόρφωση» σήμαινε συστηματικά βασανιστήρια και πιέσεις εις βάρος των αριστερών στρατιωτών. Ο διεθνής θόρυβος για το θέμα αποκορυφώθηκε ύστερα από την ένοπλη επίθεση κατά των στρατιωτών του Α' Τάγματος Μακρονήσου, που έγινε στις 29 Φεβρουαρίου και την 1η Μαρτίου 1948, από στεριά και θάλασσα, με αποτέλεσμα να σκοτωθούν, κατά τα επίσημα στοιχεία, 17 και να τραυματιστούν 61 στρατιώτες (Ν.Μάργαρη, Ιστορία της Μακρονήσου, και Το Βήμα, 2 Μαρτίου 1948). Από τον Ιούνιο του 1947, μεταφέρονται στο νοτιότερο άκρο του νησιού και οι Στρατιωτικές Φυλακές Αθηνών (ΣΦΑ), όπου επίσης αρχίζουν να βασανίζονται υπόδικοι, στρατιώτες για να υπογράφουν «δηλώσεις μετανοίας». Σε όλο αυτό το διάστημα, πολιτικοί της Δεξιάς και του Κέντρου και διάφοροι διανοούμενοι επισκέπτονταν τη Μακρόνησο και εξυμνούσαν το «έργο της αναμορφώσεως». Υπουργοί χαρακτήρισαν τη Μακρόνησο «μεγάλο εκπαιδευτήριο» (Κ.Τσάτσος), «σχολείον εθνικής μετανοίας και αναβαπτίσεως» (Π.Κανελλόπουλος), επαίνεσαν την «εθνική προσφορά» του διοικητή της, συνταγματάρχη Γ.Μπαϊρακτάρη και των «εκλεκτών συνεργατών του» (Κ.Ρέντης) κ.λπ. (Περιοδικό Σκαπανεύς, Οκτωβρίου 1949 και Ν.Μάργαρη, στο ίδιο.)
Οι μεταγωγές πολιτικών εξόριστων - που είχαν από το καλοκαίρι μεταφερθεί από την Ικαρία, τη Λήμνο και άλλα νησιά στο Δ' Τάγμα Μακρονήσου (στρατόπεδο χωροφυλακής στα βόρεια του ερημονήσου) - στο Α' (ΑΕΤΟ) και στο Β' (ΒΕΤΟ) στρατιωτικά τάγματα για «αναμόρφωση», σύμφωνα με τον νόμο για τον ΟAM. αρχίζουν τον Νοέμβρη του 1949 και τελειώνουν τον Δεκέμβρη. Τον Γενάρη μετάγονται και οι εκτοπισμένες γυναίκες από το Τρίκερι. Κάθε αποστολή, οι φρουρές την υποδέχονται με άγριες επιθέσεις και ξυλοδαρμούς από οργανωμένες ομάδες αλφαμιτών και ειδικευμένων βασανιστών με επικεφαλής μονίμους ή εφέδρους αξιωματικούς. Σοβαρότερα γεγονότα διαδραματίστηκαν κατά τις αποστολές των νέων στην ηλικία πολιτικών εξόριστων στο Α' Ειδικό Τάγμα Οπλιτών (ΑΕΤΟ). Αναφέρονται τέσσερις νεκροί, εκατοντάδες τραυματίες, πολλοί με απώλεια της ομιλία τους, ψυχονευρώσεις κ.λπ.
Ο διοικητής του ΑΕΤΟ ταγματάρχης Αντ.Βασιλόπουλος, παρουσιάζει ως εξής τα γεγονότα στην επίσημη έκθεσή του:
«.. .θεατρικά κρούσματα αυτοκτονίας, σύμφωνα με γραμμήν ΚΚΕ, εις τε τους αρνηθέντας να υπογράψουν δηλώσεις, ως και τους υπογράψαντας μετά πάροδον ημερών (κατάποσις κοχλιαρίων, αποκοπή αρτηριών χειρών και καρωτίδος διά ξυριστικών λεπίδων, κατάποσις τεθραυσμένης υάλου, είς απαγχονισμός)...».
Στα βασανιστήρια στο ΑΕΤΟ διακρίθηκε ο υπολοχαγός τότε Δημ.Ιωαννίδης. Στις αποστολές στο ΒΕΤΟ αναφέρονται ως εξακριβωμένοι νεκροί δύο. εκατοντάδες τραυματίες κ.λπ. Στις φυλακές της Μακρονήσου (ΣΦΑ) πέθανε, ύστερα από ολονύχτια βασανιστήρια στις 10 Ιανουαρίου 1950, ο Δημήτρης Τατάκης, πλοίαρχος του εμπορικού ναυτικού. Επικεφαλής στα βασανιστήρια και στους ξυλοδαρμούς στο ΒΕΤΟ ήταν, εκτός από τον διοικητή, ταγματάρχη Γ.Τζανετάτο. οι έφεδροι υπολοχαγοί Αντ.Ξηρουχάκης. δικηγόρος. Ελ.Ράντος, πρωτοδίκης, ο ανθυπολοχαγός Π.Μπουτσικάρης κ.λπ... Ως συστηματικούς βασανιστές των κρατουμένων χρησιμοποιούσαν άτομα μειωμένης διανοητικότητας ή ανώμαλους τύπους ή ακόμα και μερικούς αριστερούς, που ήθελαν να δείξουν καλή διαγωγή. (Περιγραφή των γεγονότων της Μακρονήσου. Στον Ν.Μάργαρη, το ίδιο, τόμος Β,σ. 490-520. Και Φ.Γελαδόπουλου, Μακρονήσι. 1965.)
Την 1 Ιανουαρίου 1950, δημοσιεύεται στο Βήμα ακόλουθη ανταπόκριση από το Λονδίνο:
«Η έγκυρος επιθεώρησις Γουόρλντ Τουνταίυ υπογραμμίζει εντόνως τα θλιβερά επεισόδια τα εκτυλιχθέντα εις Μακρόνησον κατά τας πρώτας αποστολάς (...) και προσθέτει ότι, μολονότι δεν υπάρχουν επίσημοι πληροφορίαι, ουδεμία υπάρχει αμφιβολία περί της αυθεντικότατος των επεισοδίων, τα οποία επιβεβαιούν τους φόβους σχετικώς με το πείραμα της Μακρονήσου».
Συστηματική εκστρατεία για την αποκάλυψη των οργίων που έγιναν στη Μακρόνησο και για την κατάργηση του ΟAM αρχίζει αμέσως μετά τη λήξη του Ανταρτοπολέμου ο Ηλίας Τσιριμώκος, γενικός γραμματέας τότε του Σοσιαλιστικού Κόμματος ΕΛΔ και το δημοσιογραφικό του όργανο Μάχη:
«Μέσα σε λίγες μέρες - γράφει ο Τσιριμώκος ανάμεσα σε άλλα άρθρα του στις 17 Μαρτίου 1950, στη Μάχη - από τότε που άρχισε η μεταφορά από το στρατόπεδο πολιτικών εξοριστούν (το "Στρατόπεδο Ρέντη") στο αναμορφωτήριο, εκατοντάδες, χιλιάδες άνθρωποι, που είχαν μείνει εκεί χρόνια δίχως να έχουν υπογράψει "δήλωση", υπογράφουν μία, δύο ή και τρεις δηλώσεις. Τι είχε συμβεί; Όλος ο κόσμος κατάλαβε και τρόμαξε... Το βογκητό της Μακρονήσου έφτασε και στην Αθήνα. Η κραυγή ακούστηκε: "Βασανίζομαι! "»...
Την ίδια περίπου περίοδο, ο Γεώργιος Καρτάλης επισκέφθηκε τον αρχιστράτηγο Παπάγο και του έδωσε υπόμνημα, στο οποίο εξιστορούσε με λεπτομέρειες όσα είχαν γίνει στη Μακρόνησο. Ο Καρτάλης είπε στον Παπάγο:
«Αν αυτά που περιλαμβάνονται στο υπόμνημα είναι αληθινά, οφείλετε να επέμβετε και να τα σταματήσετε. Αν είναι ψευδή, τότε πρέπει να με παραπέμψετε στο στρατοδικείο. Ο Παπάγος έβαλε το υπόμνημα στο συρτάρι του γραφείου του». (Αφήγηση του Κομνηνού Πυρομάγλου.)
Ποιοι ήταν οι εμπνευστές της φοβερής μηχανής της «αναμορφώσεως» στρατευμένων παιδιών και πολιτών; Το ΓΕΣ, ο ΙΔΕΑ, οι Αμερικανοί; Αναφέρεται ότι «δύο άνθρωποι της CIA είχαν αποσπαστεί σαν "παρατηρητές" κοντά στον διοικητή της Μακρονήσου, συνταγματάρχη Γ.Μπαϊρακτάρη». (Σπ.Θεοδωρόπουλου. Από το «δόγμα Τρούμαν» στο δόγμα «Χούντα», Εκδόσεις Παπαζήση, σ. 149.) Οπωσδήποτε, Έλληνες πολιτικοί, όχι μόνο της Δεξιάς, αλλά και του Κέντρου - από τον Κ.Τσαλδάρη και τον Π.Κανελλόπουλο, ως τον Σοφ.Βενιζέλο και τον Κ.Ρέντη - εισηγήθηκαν και κάλυψαν με την ευθύνη τους τα νομοθετήματα που άνοιξαν τον δρόμο για ομαδικά εγκλήματα στη Μακρόνησο.
